A solução neutra de lipopolissacarídeo pode ser armazenada em temperatura ambiente por vários meses e sua atividade biológica não muda significativamente. Se for armazenado a 4 ℃ ou em um refrigerador de baixa temperatura, sua atividade biológica pode permanecer inalterada por vários anos a décadas. O pó neutro de lipopolissacarídeo seco pode ser armazenado em temperatura ambiente ou na geladeira por décadas ou mais sem perder sua atividade biológica.

Quando o lipopolissacarídeo é colocado em uma solução ácida à temperatura ambiente, suas moléculas sofrem degradação parcial. Essa mudança envolve principalmente a clivagem das ligações glicosídicas entre o polissacarídeo e o lipídeo A, e a clivagem das ligações lipídio A1-glicosídeo. O aquecimento pode promover esta reação. Uma solução ácida forte pode destruir completamente o lipopolissacarídeo sob condições de aquecimento.

Os fatores alcalinos têm grande influência nas moléculas de lipopolissacarídeos, principalmente nas moléculas do lipídeo A. Neste momento, a ligação éster de 4-fosfato no esqueleto do lipídio A e a ligação éster de ácido graxo nas posições 3 e 3 são fáceis de serem destruídas, o que pode causar a divisão da molécula. Neste momento, as moléculas degradadas perdem sua atividade típica de endotoxina. Os lipopolissacarídeos podem ser completamente destruídos sob fortes condições alcalinas.