Como afetar a síntese de LPS de GNB para que LPS e GNB possam ser facilmente reconhecidos e eliminados pelo hospedeiro também é uma medida para tratar a endotoxemia. Na endotoxemia enteogênica, a Escherichia coli (E.coli) tem uma estrutura LPS típica, que é fácil de escapar da reação de depuração da fagocitose do hospedeiro, mostra a forte atividade biológica da endotoxina e causa vários efeitos tóxicos. Portanto, no estudo de endotoxinas, o LPS de E. coli é freqüentemente usado para avaliar os efeitos biológicos da endotoxina e avaliar várias medidas de intervenção; Quando o GNB exógeno é infectado, sua estrutura LPS não possui a estrutura LPS típica e sua toxicidade é relativamente baixa, o que é fácil de ser eliminado pelo hospedeiro.

O estudioso alemão Seydel et al. colocou macromoléculas agregadas de LPS em solução salina fisiológica, usou IL-6 secretada por macrófagos como um indicador e usou tecnologia de difração de raios-X de radiação síncrotron para analisar a estrutura tridimensional de diferentes LPS. Verificou-se que o LPS com estrutura cônica apresenta forte toxicidade biológica, enquanto a estrutura química cúbica de estrutura cilíndrica carece de toxicidade ou apresenta baixa toxicidade. O hexaacil lipídio A de E.coli é uma estrutura de cubo invertido, enquanto o pentadactil lipídio A e o tetradecil lipídio A de E.coli formam uma estrutura multilaminar e tendem a ter uma leve estrutura micelar; No entanto, o lipídio A c.jejuni é uma estrutura unilamelar com uma leve tendência a se desenvolver em uma estrutura de cubo invertido. Todos os outros lipídios A formam estruturas multicamadas, sem exceção. Cada lipídio A das bactérias intestinais hexadecil é cônico ou côncavo, o lipídio pentadactil é principalmente cilíndrico e o tetradecil lipídio A é cilíndrico e tem tendência a se desenvolver para cônico ou convexo (a seção transversal da zona hidrofóbica é ligeiramente menor do que a da zona hidrófila).

Os dados atuais mostram que existe um princípio comum para o LPS na endotoxina. Somente a forma física cônica ou côncava do lipídio A possui alta atividade biológica, como a E. coli no intestino. O LPS carece de atividade agonista e está relacionado ao formato cilíndrico do lipídio A. O LPS sem um grupo acil não significa que possa ser usado como um antagonista. Pode ser que, quando a endotoxina é internalizada em monócitos, macrófagos, neutrófilos e células dendríticas, ela é enzimaticamente hidrolisada pela acil carboxil hidrolase (AOAH) para produzir desacil lipídio A e, ao mesmo tempo, altera sua morfologia tridimensional. Neste momento, não tem efeito tóxico. Pode-se observar que a presença ou ausência de grupos acil no LPS não significa que ele não seja tóxico. É necessário entender sua estrutura tridimensional.

O efeito biológico da endotoxina e a quantidade de carga negativa do LPS, o número de cadeias acil, a distribuição do grupo acil, o grau de saturação de ácidos graxos da cadeia acil e a alteração da conformação estéreo afetam a atividade da endotoxina. Esta conclusão pode criar uma base teórica para a concepção de análogos de LPS e fazê-los antagonizar o efeito do LPS tóxico.